Galerija Klovićevi dvori brine o šest zbirki umjetnina što su pribavljene donacijama vlasnika i ugovorima o upravljanju sklopljenima s Gradom Zagrebom. To su: Zbirka Oskara Hermana, Zbirka umjetničkih djela akademskog slikara Josipa Crnoborija/Donacija Gradu Zagrebu, Spomen zbirka dr. Vinka Perčića/Donacija Gradu Zagrebu, Zbirka Slavka Kopača, Zbirka umjetničkih radova slikara, grafičara i restauratora Josipa Resteka u vlasništvu Grada Zagreba na trajnom čuvanju i Zbirka darovanih umjetnina.
