Galerija Klovićevi dvori brine o sedam zbirki umjetnina što su pribavljene donacijama vlasnika i ugovorima o upravljanju sklopljenima s Gradom Zagrebom. To su: Zbirka Oskara Hermana, Zbirka umjetničkih djela akademskog slikara Josipa Crnoborija / Donacija Gradu Zagrebu, Spomen zbirka dr. Vinka Perčića / Donacija Gradu Zagrebu, Zbirka Slavka Kopača, Zbirka umjetničkih radova slikara, grafičara i restauratora Josipa Resteka u vlasništvu Grada Zagreba na trajnom čuvanju, Zbirka darovanih umjetnina i Zbirka Borisa i Jelve Kviz / Donacija Galeriji Klovićevi dvori.
